เอนไซม์ย่อยโปรตีนในสัตว์ส่วนใหญ่ประกอบด้วยเอ็นโดนิวคลีเอส เอ็กโซนิวคลีเอส และเอ็นไซม์แต่งกลิ่นเอ็นโดนิวคลีเอสจะตัดพันธะเปปไทด์ภายในโปรตีน และเอ็กโซนิวคลีเอสจะตัดพันธะเปปไทด์ที่ปลายสายโซ่โพลีเปปไทด์เพื่อปลดปล่อยกรดอะมิโนเอนไซม์แต่งกลิ่นจะย่อยสลายเปปไทด์รสขมที่เกิดจากการไฮโดรไลซิส ซึ่งมีบทบาทในการปรับรสชาติของไฮโดรไลเสตให้เหมาะสม